この神社は、舞阪町の中央部にあります。昔、この地では「キサガイ」が多く採れ、江戸時代には「ハマグリ（ウムガイ）」が舞坂の町の名物でした。

創建時期は不明ですが『延喜式神名帳』によると、927年には、岐佐神社の名が明記されていることから、1000年以上の歴史があります。『岐佐神社由来記』には、1498年の水害での被害を弔うために、この神社を建てたと記録されています。1574年に本殿再建され、現在の神社は、1912年に造営されました。

地域の守護神であり、貝の神様が祀られているため、古来から水産業の守り神とし漁民の信仰を集めてきました。またオオクニヌシを復活させたことから「病気平癒」、「身体健全」、「運気を良くする」、「商売繁盛」の神徳もあるとされています。「オオクニヌシ」を絶命させた赤石が神社拝殿の西側に祀られています。