ツクヨミは地元の豪族である壱岐氏の祖神です。1676年に平戸藩が壱岐島の式内社の調査を行うまで、どんな神が祀られているのか正確には分かりませんでした。三貴神の1体であるツクヨミが祀られているということは、階級の高い神社でした。しかし、調査されるまでの長い期間、忘れ去られていました。調査時には祭祀設備もない状態でした。その後、石祠と神体として木鏡1面が奉納されました。

神功皇后が戦のために出産を遅らせたとされる石、｢月延べ石｣の内一つが奉納されていたはずが、現在所在が分からなくなっています。

社殿は木々に覆われていて、昼までも薄暗くて月の神らしい風情があります。

京都の松尾大社摂社の月読神社と、葛野坐月読神社（カドノニマスツキヨミ）の元宮とされています。