1800年代初期の、町人文化が花開いた時代に造られた庭園。佐原鞠塢が、多賀氏の元屋敷跡をもとに花園として造りなおしました。江戸時代の一流文化人たちによって造られたため、大名庭園とは違う庶民の独特の美しさを感じられます。

中国、日本の古典に出てくる有名な植物を集めていて、ウメがベースになり、「ミヤギノハギ」、「ススキ」などが、四季を通じて花が咲くようになっている。「百花園」の名前の由来は、「梅は百花に魁けて咲く」または「四季百花の乱れ咲く園」という意味でつけられたと言われている。

昭和13年、東京市に寄付されて現在に至る。昭和53年10月、この庭園は「文化財保護法」により「国の名勝及び史跡」の指定を受けた。